Dès sa naissance, le spiritisme et son codificateur sont critiqués par les milieux ésotériques, politiques, médicaux, scientifiques et religieux.
La hiérarchie catholique affiche aussi très tôt son hostilité et perçoit le spiritisme comme une tentative de modernisation de la nécromancie. En 1898 et en 1917, la doctrine spirite est condamnée par le Saint-Office. De manière générale, le catholicisme du XIXe siècle attribue les manifestations spirites au démon. Le clergé catholique voit dans le spiritisme une dérive interprétative de son enseignement traditionnel et rappelle que « l’Église défend au commun de ses fidèles de se livrer aux expériences spirites « . En 1861, l’évêque de Barcelone fait saisir les traductions espagnoles des livres de Kardec et ordonne leur crémation dans un autodafé publique. Les cendres sont ensuite dispersées par un prêtre hué par une foule hostile au clergé. En 1864, Le Livre des Esprits et Le Livre des médiums sont inscrits à l’Index Librorum Prohibitorum et l’Église de Rome en interdit la lecture à ses fidèles.
Enfin, les philosophies matérialistes affirment l’anéantissement de la conscience au moment de la mort et s’opposent diamétralement à la philosophie spirite qui se fonde sur l’hypothèse de la survivance.
En 1910, de la tribune de la Chambre des députés, l’écrivain Maurice Barrès dénonce le spiritisme au nom de la droite nationaliste:
« Partout où en France disparaît la foi catholique, elle est remplacée par des superstitions, de l’hypnotisme, le charlatanisme des spirites et les instituteurs faisant tourner les tables. »
À la même époque, au Brésil, un projet de loi envisage de rendre tout simplement le spiritisme illégal, mais n’aboutit pas. La doctrine spirite est alors critiquée pour son discours politique qui associe les ectoplasmes à des thèses progressistes, pacifistes et féministes.
En 1923 René Guénon, figure de la littérature ésotérique, qualifie Kardec d’« hypnotiseur » : « Sous l’empire de sa volonté énergique, ses médiums étaient autant de machines à écrire, qui reproduisaient servilement ses propres pensées. Si parfois les doctrines publiées n’étaient pas conformes à ses désirs, il les corrigeait à souhait. On sait qu’Allan Kardec n’était pas médium, il ne faisait que magnétiser des personnes plus impressionnables que lui. »
Dans le même ouvrage, René Guénon déclare que le spiritisme est « une pseudo religion » et qu’il s’agit de « la forme la plus simpliste et la plus grossière de toutes les doctrines néo-spiritualistes ». Guénon qualifie par la suite Kardec « d’instituteur socialiste »
Si de nombreux médecins métapsychistes espèrent découvrir dans les phénomènes spirites des facultés inconnues de l’homme, d’autres dénoncent les effets néfastes du spiritisme sur la santé mentale des pratiquants. Les médiums en particulier risqueraient un effacement de leur conscience et de leur volonté sous l’influence d’une entité, selon les spirites, ou des fantasmagories de l’inconscient, selon les sceptiques. Ainsi, durant la première moitié du XXe siècle, plusieurs médecins représentatifs du corps médical affirment que la pratique du spiritisme favorise le déclenchement de troubles mentaux chez les individus prédisposés.
Du côté de l’Académie des sciences, la plupart des savants du XIXe siècle n’accordent aucun crédit aux manifestations supposées des esprits. Deux grands savants adhèrent néanmoins aux idées spirites : William Crookes (1832-1919) qui améliore le tube cathodique et Charles Richet (1850-1935), prix Nobel de médecine. Les rédacteurs du Larousse de l’édition 1876 participent à la polémique et rédigent ainsi les articles « Spiritisme » et « Kardec »:
« il y a lieu, non point d’apprécier le spiritisme, on ne juge point en elles-mêmes d’aussi tristes folies, mais de l’expliquer et de lui assigner une place dans le cadre des maladies mentales. »
« Kardec contribua à répandre en France et en Europe cette funeste épidémie de supranaturalisme qui fit tant de ravages dans les esprits pendant une dizaine d’années (…). Il fonda sur les chimériques manifestations des esprits un ensemble de doctrines religieuses et morales. »